Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, Maharaja berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).

Sebelumnya pada tahun 1451, Shogun Yoshimasa menghidupkan kembali perdagangan Jepun dengan Dinasti Ming yang terhenti setelah meninggalnya Ashikaga Yoshinori. Perdagangan tersebut dapat memperkaya kas pejabat keshogunan dan kalangan daimyo yang dekat dengan shogun. Dibandingkan dengan sebelum perang, keadaan keuangan keshogunan sewaktu perang justru lebih stabil. Namun uang kas keshogunan tidak digunakan Shogun Yoshimasa untuk negara dan menolong rakyat, melainkan dipakai untuk kegemarannya mendirikan bangunan megah (termasuk di antaranya Ginkaku-ji) dan taman Jepun.

Sebagian besar usaha pembangunan kembali Kyoto dilakukan oleh para penduduk kota yang pengusaha kaya. Di antaranya, mereka menghidupkan kembali Gion Matsuri pada tahun 1500. Mereka ingat bahwa awalnya Gion Matsuri diadakan untuk menghalau wabah penyakit, dan penyelenggaraan kembali Gion Matsuri diperkirakan dapat memperbaiki keadaan ekonomi Kyoto.